Depois da instalação da nova ordem, Madoka Kaname, a garota que se tornou o pilar da Ordem dos Ciclos, e Sayaka Miki, a garota que perdeu sua vida quando seus poderes mágicos acabaram, aparecem na frente de Homura Akemi mais uma vez. Qual é o significado da aparição das duas meninas que não deveriam mais existir? Será que Nagisa Momoe, a nova garota mágica, contará o que aconteceu? E o que serão os novos seres que lutam contra a Lei dos Ciclos e esmagam o mundo?