O segundo ano de Wayward Pines começa de onde o chocante final da primeira temporada parou, com os moradores de Wayward Pines lutando contra o governo com mão de ferro da Primeira Geração. Dr. Theo Yedlin (Jason Patric) – um novo residente de Wayward Pines – encontra-se no meio desta rebelião, enquanto ele tenta entender o que Wayward Pines realmente é e ajuda a preservar a raça humana em perigo.