A 3ª temporada começa com Layton (Diggs) e seu círculo interno comandando um pequeno trem pirata em busca de Melanie (Connelly) e um possível local quente para reiniciar a civilização, auxiliado por um sobrevivente recém-descoberto. De volta ao Snowpiercer, o Sr. Wilford (Sean Bean) está consolidando o poder, frustrado apenas por aliados secretos de Layton escondidos no trem, comprometidos com a causa.